Изданное 

 

pmozgb150

dsadA-KakpM150

Smeyatsa i svistet cover150

sis  

malskaz150

lifehouse150

plyvi200 

push100

sokr140 

zol pt100  

rybak 300

lom 100

nach

nukl100

 

 

Список публикаций в области биофизики


Работы в основном посвящены физике молекулы ДНК. Рассматриваются взаимодействия между ДНК и РНК, с одной стороны, и белками (или лекарственными соединениями), с другой. Именно такие взаимодействия лежат в основании регуляции активности генов. От того, как работают гены, зависит судьба клетки и жизнь всего организма - и понимание регуляции генетической активности является центральной проблемой молекулярной биологии. Молекулярный уровень такой регуляции сейчас хорошо изучен, существует множество количественных данных, что позволяет применять к описанию этих систем представления точных наук. Моделирование взаимодействий между молекулами происходит в рамках теории адсорбции. Одни молекулы проявляют сродство к другим молекулам, лиганды связываются с матрицами, возникают новые состояния живого вещества.

Особое внимание уделяется явлению кооперативности при связывании молекул, развиты модели, которые позволили описать взаимодействия между биомолекулами в самых разных системах: при связывания лекарственных соединений с ДНК, при связывании субстратов на рибосоме, при образовании жидкопристаллических дисперсий ДНК, при вхождении малых РНК в комплекс белков RISC и для конформационных изменений в белках.

Ряд работ был посвящен обнаружению необычной «параллельной» формы молекулы ДНК и физическому картированию генома: тем областям, которые получили название «нанобиология» и «нанотехнология». Одно из самых горячих направлений науки - эпигенетика тоже представлено в работах, которые выполняет коллектив ученых из разных институтов, городов и стран под руководством Нечипуренко Ю.Д. Обнаружено, что ДНК при секвенировании  расщепляется чаще всего в местах метилирования цитозина. Это открывает большие возможности для диагностики заболеваний и определения возрастного статуса генов из разных тканей (работы были сделаны в соавторстве с Сергеем Гроховским и др.) 

Видвинута гипотеза конформационых изменений в шиповидном (S) белке короновирусов как основания явления Антитело-зависимого усиления инфекции (совместно с Ольгой Матвеевой).  

 

В 2010 и 2011 годах на физическом факультете МГУ  прочитан курс лекций «Биофизика ДНК».

1. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Теория одномерной адсорбции на гомополимере. Учет различных ориентаций молекул лиганда. Биофизика, 1979, 24, 351-361.
2. Нечипуренко Ю.Д. Термодинамические параметры, характеризующие взаимодействие между молекулами лиганда, адсорбированными на полимере. Биофизика 1982, 27, 391-398.
3. Nechipurenko Yu.D. Determination from binding isotherms of thermodynamic parameters characterizing interactions between ligand molecules bound DNA. Studia Biphys. 1982, 87, 217-218.
4. Streltsov S.A., Khorlin A.A., Surovaya A.N., Gursky G.V., Zasedatelev A.S., Nechipurenko Yu.D., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Oligo-L-valin binds preferentially to GC-regions on DNA. Studia Biophysica, 1982, 87, 189-190.
5. Surovaya A.N., Streltsov S.A., Khorlin A.A., Gursky G.V., Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Zhuze A.L., Gottikh B.P. Specific binding interactions between DNA and oligopeptides which model the recognition sites of regulatory proteins. Studia Biophysica, 1982, 87, 191-192.
6. Nechipurenko Yu.D., Bourd S.B. Theoretical model for binding of ligands to ribosome. Europ. Journal of Biochemistry, 1983, 135, 469-470.
7. Куханова М.К., Бурд С.Б., Викторова Л.С., Нечипуренко Ю.Д., Готтих Б.П., Краевский А.А. Взаимодействие субстратов и субстратоподобных ингибиторов с пептидилтрансферазным центром рибосом Escherichia Coli. Молекулярная биология 1984, 18, 691.
8. Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. 1 Неконтактные кооперативные взаимодействия. Молекулярная биология 1984, 18, 798 - 812.
9. Нечипуренко Ю. Д. Кооперативные взаимодействия при связывании протяженных лигандов с ДНК. П. Контактные кооперативные взаимодействия между адсорбированными лигандами. Молекулярная биология 1984, 18, 1066 - 1079.
10. Нечипуренко Ю.Д., Крылов А.С., Заседателев А.С., Гурский Г.В. Взаимодействия между аналогами антибиотика Дистамицина А, адсорбированными на ДНК. Молекулярная биология 1984, 18, 332 - 342.
11. Нечипуренко Ю.Д. Связывание малых молекул с нуклеиновыми кислотами, имеющими третичную структуру. Биофизика 1985, 30, 231-232.
12. Нечипуренко Ю.Д., Волькенштейн М.В. Употребление синонимичных кодонов на границах двутяжевых участков во вторичной структуре мРНК. Доклады Академии Наук СССР, 1985, 282, 721-724.
13. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Анализ связывания белков и антибиотиков с фрагментами ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1985, 281, 213-216.
14. Скамров А.В., Рыбалкин И.Н., Бибилашвили Р.Ш., Готтих Б.П., Гроховский С.Л., Нечипуренко Ю.Д., Заседателев А.С., Гурский Г.В., Жузе А.Л., Хорлин А.А. Специфическая защита ДНК дистамицином А, нетропсином, и биснетропсином от действия ДНКазы 1. Молекулярная биология 1985, 17, 177-195.
15. Нечипуренко Ю.Д., Волькенштейн М.В., Анализ расположения нуклеосом на сателлитной ДНК. Доклады Академии Наук СССР, 1986, 286, 216-220.
16. Nechipurenko Yu.D., Gursky G.V. Cooperative effects on binding of proteins to DNA. Bioph. Chem. 1986, 24, P.195-209.
17. Нечипуренко Ю.Д. Антикооперативные взаимодействия между ближайшими соседними хроматосомами. Биофизика 1988, Т.33, С.580-583.
18. Сприжицкий Ю.А., Нечипуренко Ю.Д., Александров А.А., Волькенштейн М.В. Закономерности сблоченности нуклеотидов в кодирующих и некодирующих последовательностях ДНК из различных организмов. Молекулярная биология 1988, Т.22, С.338-356.
19. Чуриков Н.А., Чернов Б.К. Голова Ю.Б., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные ДНК - возможность существования. Доклады Академии Наук СССР, 1988, 303, 1254-1258.
20. Sprizhitsky Yu.A., Nechipurenko Yu.D., Alexandrov A.A., Volkenstein M.V. Statistical analysis of nucleotide runs in coding and noncoding DNA sequences. J. Biomol. Struct. and Dynam. 1988, 6, 345-358.
21. Tchurikov N.A., Chernov B.K., Golova Yu.B., Nechipurenko Yu.D. Parallel DNA: generation of a duplex between two Drosophila sequences in vitro. FEBS Lett. 1989. Vol.257, P.415-418.
22. Йованович Б., Нечипуренко Ю. Д. Анализ распределения лигандов, адсорбированных на фрагментах ДНК. Молекулярная биология, 1990, 24, 478-486.
23. Ахрем А.А., Ландо Д.Ю., Шпаковский А.Г., Нечипуренко Ю.Д., Арутюнян С.Г. Влияние взаимодействия дальнего порядка между адсорбированными лигандами на переход спираль-клубок ДНК. Молекулярная биология 1990, 24, 649-656.
24. Чуриков Н.А., Нечипуренко Ю.Д. Параллельные комплиментарные последовательности в природной ДНК: гипотеза параллельного биосинтеза. Доклады Академии Наук СССР, 1991, 318, 1233-1238.
25. Чжу-Цзин-Дэ, Ли Минь-Гань, Сюй Лю-Джун, Чжу Цзе-Цин, Ху Цзю-Юнь, Гу Минь-Мин, Сюи Яо-Лян, Чжан Лань-Пин, Хуань И-Ци, Б.К.Чернов, Ю.Д.Нечипуренко, Н.А.Чуриков Основные характеристики параллельной двойной спирали ДНК по данным сканирующей туннельной микроскопии. ДАН СССР, 1991, 317, 1250-1253.
26. Jing-de Zhu, Min-qian Li, Liu-zhong Xiu, Jiu-qing Zhu, Ju Hu, Min-ming Gu, Yao-liang Xu, Lan-ping Zhang, Ze-qi Huang, B.K. Chernov, Yu.D. Nechipurenko and N.A. Tchurikov Parallel srtanded DNA under the scanning tunnelling microscope. BBA. 1992. Vol.1115, P.239-242.
27. Нечипуренко Ю.Д., Матвеева О.В. Термодинамические модели, описывающие связывание между полинуклеотидами для ПЦР и гибридизации. Третья конференция «Геном человека -1993», Сборник, Москва, 1993, С.129.
28. Нечипуренко Ю.Д., Попов Н.В., Исаев М.А., Шабалина С.А., Матвеева О.В. Модель множественных контактов, описывающая взаимодействие сайтов рРНК с мРНК. Биофизика, 1995, 40, 1208-1213.
29. Стрельцов С.А., Бородина М.В., Нечипуренко Ю.Д., Семенов Т.Е. Тривалин индуцирует образование гомо- и гетеро- квадруплексных структур ДНК. Биофизика 1997, 42, 378-388.
30. Стрельцов С.А., Нечипуренко Ю.Д. Определение константы димеризации дансилгидразидатривалина в растворе. Биоорганическая химия. 1999, 25, 584-590.
31. Нечипуренко Ю.Д., Стрельцов С.А., Михейкин А.Л. Новая физическая интерпретация S-образных кривых: конкуренция между разными типами связывания лиганда с ДНК. Биофизика, 2000, Т.45, С.1044-1048.
32. Стрельцов С.А., Михейкин А.Л., Нечипуренко Ю.Д. Взаимодействие топотекана - ингибитора ДНК-топоизомеразы I с двунитевыми полидезоксирибонулеотидами. Молекулярная биология 2001 Т.35, С. 442-450.
33. Nechipurenko Yu.D., Mikheikin A.L., Streltsov S.A., Zasedatelev A. S., and I.R. Nabiev I.R. Mixed mode of ligand-DNA binding results in S-shaped binding curves. Journal of Biomol. Structure & Dynamics 2001 V.18, P. 703-708.
34. Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu.D., Zasedatelev A.S., Streltsov S.A. Competition Between Different Ligand-DNA Complexes Produced S-shaped Binding Curves. J. Biomol. Struct. Dynam. 2001 V. 18, P. 913.
35. Streltsov S.A., Mikheikin A.L., Nechipurenko Yu. D. Interaction of DNA Molecules in the Presence of DNA Topoisomerase I Inhibitor Topotecan. J. Biomol. Struct. Dynam. 2001 V. 18, P. 914-915.
36. Нечипуренко Ю.Д., Стрельцов С.А. и Евдокимов Ю.М. Термодинамическая модель образования мостиков между нуклеиновыми кислотами в жидком кристалле. Биофизика. 2001. Т. 46. С. 428-435.
37. Нечипуренко Ю.Д., Захаров М.А., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. «Мостиковые» структуры между молекулами нуклеиновых кислот, фиксированными в структуре жидкого кристалла. Биофизика. 2002. Т. 47. С. 600-606.
38. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Нечипуренко Ю.Д., Скуридин С.Г., Захаров М.А., Спенер Ф., Палумбо М. Молекулярные конструкции (суперструктуры) на основе двухцепочечных нуклеиновых кислот. Молекулярная биология, 2003, Т.37, С. 340-355.
39. Нечипуренко Ю.Д., Рябоконь В.Ф., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. Термодинамические модели, описывающие образование «мостиков» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Биофизика, 2003, Т. 48, С. 635-643.
40. Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Термодинамические модели связывания лигандов с ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.773-796.
41. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Евдокимов Ю.М. Функция распределения, описывающая связывание протяженных лигандов с молекулами ДНК. Возможное применение для случая конденсации ДНК. Биофизика, 2003, Т.48, С.802-811.
42. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в процессах регуляции экспрессии генов: рассмотрение с точки зрения статистической механики. Биофизика, 2003, Т.48, С.986-997.
43. Streltsov S.A., Oleinikov V., Ermishov M., Mochalov K., Sukhanova A., Nechipurenko Yu.D., Grokhovsky S., Zhuze A., Pluot M., Nabiev I. Interaction of clinically important human DNA Topoisomerase I poison, Topotecan, with double-stranded DNA. Biopolymers (Biospectroscopy), 2003, V.72, P.442-454.
44. Riabokon V.F., Nechipurenko Yu.D., Semenov S.V., Yevdokimov Yu.M. Model describing the formation of “bridges” between nucleic acids in liquid-crystalline dispersions. J. Biomol. Struct. Dynam. 2003, V. 20, P. 886.
45. Nechipurenko Yu.D., Wolf A.M., Salyanov V.I., Yevdokimov Yu.M. Model of formation of liquid-crystalline dispersions in the process of the DNA-chitosan binding. J. Biomol. Struct. Dynam. 2003, V. 20, P. 887.
46. Рябоконь В.Ф., Нечипуренко Ю.Д., Семенов С.В., Евдокимов Ю.М. «Мостики» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах. Описание с точки зрения теории адсорбции. Жидкие кристаллы и их практическое использование, 2003, вып. 48, С. 69-78.
47. Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М., Салянов В.И. и Евдокимов Ю.М. Равновесная адсорбция лигандов на ДНК (на примере хитозана). ЖЭТФ, 2004, Т. 125, С. 103-111.
48. Евдокимов Ю.М., Салянов В.И., Крылов А.С., Нечипуренко Ю.Д., Вольф А.М. Формирование жидкокристаллических дисперсий комплексов (ДНК-хитозан) в условиях объемного заполнения. Биофизика. 2004. Т. 49. С. 789-799.
49. Рябоконь В.Ф., Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Количественные методы анализа диаграмм фут-принтинга для комплекса лиганда с ДНК с известной последовательностью. Доклады Академии Наук 2004, Т. 398, С. 832-837.
50. Никифоров В.В., Кузнецов В.Д., Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И., Евдокимов Ю.М. Магнитные свойства меди в составе наномостиков, образованных между фиксированными в пространстве молекулами ДНК Письма в ЖЭТФ, 2005, Т.81, С.327-329.
51. Захаров М.А., Соколовская Л.Г., Нечипуренко Ю.Д., Лорткипанидзе Г.В., Евдокимов Ю.М. Формирование наноструктур на основании двухцепочечной ДНК. Биофизика 2005,Т.50, С. 824-832.
52. Nechipurenko YD, Jovanovic B, Riabokon VF, Gursky GV. Quantitative methods of analysis of footprinting diagrams for the complexes formed by a ligand with a DNA fragment of known sequence. Ann N. Y. Acad Sci. 2005 V.1048 P. 206-214.
53. Yevdokimov YM, Skuridin SG, Nechipurenko YD, Zakharov MA, Salyanov VI, Kurnosov AA, Kuznetsov VD, Nikiforov VN. Nanoconstructions based on double-stranded nucleic acids. Int J Biol Macromol. 2005 V.36 P.103-115.
54. Zakharov M.A., Yevdokimov Yu.M., Skuridin S.G. and Nechipurenko Yu.D. Nanotechnology Based on Spatially Fixed ds DNA (RNA) Molecules. Nanotech 2005 Vol. 1. P. 288 – 291.
55. Захаров М.А., Нечипуренко Ю.Д., Лорткипанидзе Г.В., Евдокимов Ю.М. Термодинамическая стабильность наноструктур, созданных на основании двухцепочечной ДНК. Биофизика 2005, Т.50, С. 1036-1041.
56. Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Воробьев Е.А., Гроховский С.Л. и Гурский Г.В. Математические модели регуляции экспрессии генов: механические возмущения структуры ДНК. Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том.2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2006. С. 392-402.
57. Воробьев Е.А, Нечипуренко Ю.Д., Салянов В.И и Евдокимов Ю.М. Описание связывания хитозана с ДНК при разных ионных силах в рамках теории ионной конденсации и теории адсорбции. Биофизика 2007 Т. 52 С. 636-642.
58. Nechipurenko Yu.D., Nechipurenko D.Yu., Polozov R.V., Grokhovsky S.L., Gursky G.V. DNA-based nanostructures: changes of Mechanical properties of DNA upon ligand binding. In collection: Nanomaterials for Application in Medicine and Biology (NATO Workshop in Bonn). Springer 2008, p. 59-67.
59. Нечипуренко Ю.Д. Статистическая термодинамика связывания лигандов с ДНК. Российский химический журнал (Ж. Росс. Хим. Общества им. Д.И.Менделеева) 2007. Т. 51, С. 23-30.

60. Matveeva Olga, Nechipurenko Yury, Rossi Leo, Moore Barry, Saetrom Pal, Ogurtsov Aleksey Y., Atkins John F. and Shabalina Svetlana A. Comparison of approaches for rational siRNA design leading to a new efficient and transparent method. NAR, 2007. v. 35, #8

http://nar.oxfordjournals.org/content/35/8/e63.full.

61. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика, 2008, Т.53, С. 417-425.

62. Lando D., Nechipurenko Yu. Distribution of unselectively bound ligands along DNA. J of Biomolecular structure and dynamics, 2008, V. 26, P. 187 – 196.

63. Нечипуренко Ю.Д., Головкин М.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Характерные особенности расщепления ДНК ультразвуком. Журнал структурной химии, 2009, Т. 50, С.1040-1047.

64. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д.  Математическое моделирование связывания лигандов на биочипах при биологических и медицинских исследованиях. Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том. 2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика", 2009. С. 158-168.

65. Головкин М.В., Нечипуренко  Д.Ю., Ильичева И.А., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Нечипуренко Ю.Д. Математические методы анализа электрофоретических картин расщепления ДНК. Компьютерные исследования и моделирование, 2009, Т.1, №3, С. 287–295.

66. Головкин М.В., Нечипуренко Ю.Д., Гурский Г.В. Статистические флуктуации в уровне заполнения репрессором оператора определяют величину экспрессии репортерного гена. Биофизика, 2009, т. 54, С. 581-588.

67. Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д. Свойства изотерм гибридизации при связывании лигандов на биочипах. Биофизика, 2009, т. 54, С. 820-823.

68. И. А. Ильичева, Л. А. Панченко, Д. Ю. Нечипуренко, М. В. Головкин, Ю. Д. Нечипуренко, Р. В. Полозов, С. Л. Гроховский. Позиционные эффекты и эффекты последовательности при ультразвуковом расщеплении ДНК. Обозрение прикладной и промышленной математики, 2009, 16, вып.4, 660-661.

69. Yu.D. Nechipurenko, M. V. Golovkin, D. Yu. Nechipurenko, I. A. Il’icheva, L. A. Panchenko, R. V. Polozov, and S. L. Grokhovskii. Characteristics of ultrasonic cleavage of DNA. Journal of Structural Chemistry, 2010, Vol. 50, No. 5, pp. 1007-1013.

70. Нечипуренко Ю.Д., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Головкин М.В., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Гроховский С.Л Конформационно-динамические свойства ДНК и подходы к физическому картированию генома. Журнал «Компьютерные исследования и моделирование», 2010, том. 2, №4, С. 419-428.

71. Olga V. Matveeva, Yibin Kang, Alexey N. Spiridonov, Pa°l Sætrom, Vladimir A. Nemtsov, Aleksey Y. Ogurtsov, Yury D. Nechipurenko, Svetlana A.Shabalina Optimization of Duplex Stability and Terminal Asymmetry for shRNA Design PLoSONE, 2010, 5(4): e10180.

http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0010180

72. Sergei L. Grokhovsky, Irina A. Il’icheva, Dmitry Yu. Nechipurenko, Michail V. Golovkin, Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov and Yury D. Nechipurenko Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA Biophysical Journal, 2011, Vol.100, N1, P.117-125.

http://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495%2810%2901440-2

73. Панченко Л.А., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Гроховский С.Л. Специфическое расщепление ДНК ультазвуком: статистический анализ данных в сборнике «Труды Международной научной конференции "Василий Васильевич Налимов - математик и философ», МАКС Пресс Москва, 2011.С. 145-153.

74. Н.Н. Втюpина, C.Л. Гpоxовcкий, И.В. Филимонов, О.И. Медведков, Д.Ю. Нечипуpенко, C.А. Ваcильев, Ю.Д. Нечипуpенко. Pаcщепление фpагментов днк наноcекундным лазеpом c длиной волны 193 нм. Биофизика,2011,Т. 56, С. 410–414.

75. Ходыков М.В., Анашкина А.А., Головкин М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д., Анализ связывания лигандов с ДНК в растворе и на микрочипах. Биофизика, 2011, Т. 56, 1053–1061.

76. Втюрина Н.Н., Гроховский С.Л., Васильев А.Б., Титов И.И., Пономаренко П.М., Пономаренко М.П., Пельтек С.Е., Нечипуренко Ю.Д., Колчанов Н.А. "Контекстные характеристики ДНК, значимые для ее повреждения ультрафиолетовым лазерным излучением с длиной волны 193 нм". ДАН, 2012, Т.447, №2, 217-222.

77. Sergei Grokhovsky, IrinaIl’icheva, Dmitry Nechipurenko, Michail Golovkin, Georgy Taranov, Larisa Panchenko, Robert Polozov and Yury Nechipurenko. Quantitative Analysis of Electrophoresis Data - Application to Sequence-Specific Ultrasonic Cleavage of DNA, Gel Electrophoresis - Principles and Basics, Dr. Sameh Magdeldin (Ed.), ISBN: 978-953-51-0458-2, InTech. 2012.

http://yuniko.ru/images/LOGOS/pdf/bioph_rew_nechip_2014.pdf

78. Ильичева И.А., Попцова М.C.,Нечипуренко Д.Ю.,Панченко Л.А.,Полозов Р.В.,Нечипуренко Ю.Д.,Гроховский С.Л. Неслучайное распределение нуклеотидов на концах фрагментов, составляющих библиотеки геномного секвенирования. Обозрение прикладной и промышленной математики, 2013, Т. 20, С. 176-177.

79. Гроховский С.Л.,Ильичева И.А.,Панченко Л.А.,Головкин М.В.,Нечипуренко Д.Ю.,Полозов Р.В.,Нечипуренко Ю.Д. Ультразвуковое расщепление ДНК в комплексах с катионами Ag(I), Cu(II), Hg(II) Биофизика, 2013, Т. 58, С. 36-46.

80. Стирманов Я.В., Ходыков М.В., Матвеева О.В., Нечипуpенко Ю.Д. Анализ связывания олигонуклеотидов на микрочипах: энергетические изотермы гибридизации Биофизика, 2013, 58, С.981-986

81.Анализ связывание лигандов с нуклеиновыми кислотами. Ю.Д.Нечипуренко, Биофизика, 2014, Т.59, С.12-36.

82. Poptsova M.S., Il'icheva I.A., Nechipurenko D.Y., Panchenko L.A., Khodikov M.V., Oparina N.Y., Polozov R.V., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. Non-random DNA fragmentation in next-generation sequencing. Sci Rep., 2014,Mar 31;4:4532.

83. Grokhovsky S.L., Il’icheva I.A., Nechipurenko D.Yu., Golovkin M.V., Panchenko L.A., Polozov R.V. and Nechipurenko Yu.D. «Mechanochemical Cleavage of DNA by Ultrasound» in "Advances in Engineering Research", Volume 8. pp. 213-236. (Editor: Victoria M. Petrova). "Nova Science Publishers". ISSN: 2163-3932. ISBN: 978-1-63321-282-4, 2014.

84. Нечипуpенко Д.Ю.,  Ильичева И.А.,  Xодыков М.В., Попцова М.C., Нечипуpенко Ю.Д., Гpоxовcкий C.Л. Моделиpование меxаноxимичеcкого pаcщепления ДНК под дейcтвием ультpазвука. Биофизика, 2014, Т. 59, С. 1061-1070.

85. Стирманов Я.В., Ходыков М.В., Матвеева О.В., Нечипуренко Ю.Д. Кооперативные эффекты при связывании лигандов с ДНК в растворе и на микрочипах. Актуальные вопросы биологической физики и химии (Материалы Х международной научно-технической конференции г. Севастополь), 2015, с. 151-156. 

86. Нечипуренко Ю.Д. Применение статистической термодинамики для анализа связывания биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами. Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2016. № 1-1. С. 204-207.

87.  Olga V Matveeva, Yury D Nechipurenko, Evgeniy Riabenko, Chikako Ragan, Nafisa N Nazipova, Aleksey Y Ogurtsov, Svetlana A Shabalina. Optimization of signal-to-noise ratio for efficient microarray probe design. Bioinformatics 32 (17), i552-i558 (2016).

88. Irina A Il’icheva, Mingian V Khodikov, Maria S Poptsova, Dmitry Yu Nechipurenko, Yury D Nechipurenko, Sergei L Grokhovsky. Structural features of DNA that determine RNA polymerase II core promoter. BMC genomics 17 (1), 973 (2016).

89.Нечипуренко Ю.Д., Гужаев А.Д., Ходыков М.В., Стирманов Я.В., Иванов А.А., Крылов А.С., Жузе А.Л. Анализ калориметрических данных по связыванию мономерного бисбензимидазола, аналога красителя Хекст 33258 с поли dА поли dТ. Биофизика, 62, 452-457 (2017).

Nechipurenko, Y. D., Guzaev, A. D., Khodykov, M. V., Stirmanov, Y. V., Ivanov, A. A., Krylov, A. S., & Zhuze, A. L. (2017). Analysis of calorimetric data for the binding of monomeric bis-benzimidazole, an analog of the Hoechst 33258 dye, to poly (dA)· poly (dT). Biophysics, 62(3), 356-360.

90. Ю.Д. Нечипуренко, И.А. Ильичева, М.С. Попцова, С.Л. Гроховский Физико-химические свойства ДНК в регуляторных участках генома. Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2017. Т. 2. № 1. С. 339-340. 

91. Нечипуренко Ю.Д. Применение статистической термодинамики для анализа связывания лигандов с ДНК и олигонуклеотидов на микрочипах. В сборнике: Физико-химические механизмы и регуляция процессов трансформации энергии в биологических структурах / Ред. Г.Ю.Ризниченко, А.Б.Рубин. - М.-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2017. - 522 с. (Коллективная монография).

92.Нечипуренко Ю.Д., Ильичева И.А., Абдуллаев Э.Т. Урошлев Л.А., и Гроховский С.Л. Физические характеристики регуляторных участков генома, эпигенетика и канцерогенез // Актуальные вопросы биологической физики и химии. – 2018. – Т. 3. – №. 4. – С. 884-887.

93. Y.V. Stirmanov, O.V. Matveeva & Y.D. Nechipurenko (2019) Two-dimensional Ising Model for Microarray Hybridization: Cooperative Interactions between Bound Target Molecules, Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 37(12), 3103-3108.

94. Nechipurenko Y.D. Microarrays: Analysis of Hybridization Energy Isotherms - in "Advances in Medicine and Biology", Volume 136. pp. 193-206. (Editor: Leon V. Berhardt). "Nova Science Publishers". ISBN: 978-1-53614-723-0, 2019.

95. Нечипуренко Ю.Д., Касерес Х.Л. Концепции в молекулярной биофизике. Актуальные вопросы биологической физики и химии. 2019. Т.4, №4, С. 452-455.

96. Denis A. Semyonov, Yury D. Nechipurenko. Non-Canonical GC Base Pairs and Mechanochemical Cleavage of DNA

https://arxiv.org/abs/2001.03561

97. И.А. Ильичева, М.В. Ходыков, Л.А. Панченко, Р.В. Полозов, Ю.Д. Нечипуренко Ультразвуковое расщепление ДНК: анализ структурно-динамических характеристик регуляторных участков генома. Биофизика, 2020, Т.65, 504-511. 

Cмотрите PDF

IA Il’icheva, MV Khodikov, LA Panchenko, RV Polozov, Yu D Nechipurenko Ultrasonic DNA Cleavage: An Analysis of the Conformational-Dynamic Features of Regulatory Genome Regions and Sequencing Errors Biophysics 65 (3), 426-432

98. Uroshlev L.A., Abdullaev E.T. Umarova I.R., Il'icheva I.A., Panchenko L.A.,  Polozov R.V., Kondrashov F.A., Nechipurenko Y.D., Grokhovsky S.L. A Method for Identification of the Methylation Level of CpG Islands From NGS Data. Sci. Rep., 2020

https://www.nature.com/articles/s41598-020-65406-1.

99. Т.А. Зайчук, Ю.Д. Нечипуренко, А.А. Аджубей, С.Б. Оникиенко, В.А. Черешнев, С.С. Зайнутдинов, Г.В. Кочнева, С.В. Нетесов, О.В. Матвеева  Проблемы создания вакцин против коронавирусов: антителозависимое усиление инфекции и вирус Сендай как возможный вакцинный вектор. Молекулярная биология, 54, 6, 922-938 (2020) 10.31857/S0026898420060154 , на сайте: http://yuniko.ru/images/LOGOS/pdf/mbm54_6_0922.pdf

На английском языке 

Zaichuk, T. A., Nechipurenko, Y. D., Adzhubey, A. A., Onikienko, S. B., Chereshnev, V. A., Zainutdinov, S. S., Netesov S.V. & Matveeva, O. V. (2020). The Challenges of Vaccine Development against Betacoronaviruses: Antibody Dependent Enhancement and Sendai Virus as a Possible Vaccine Vector. Molecular Biology, 54, 6, 812–826.

https://link.springer.com/article/10.1134/S0026893320060151

 

100. Ю.Д. Нечипуренко, А.А. Анашкина и О.В.Матвеева Изменение антигенных детерминант S-белка вируса SARS-CoV-2 как возможная причина антителозависимого усиления инфекции и цитокинового шторма. Биофизика, 2020, 65, 824-832 DOI: 10.31857/S0006302920040262

На английском языке

Yu. D. Nechipurenko, A. A. Anashkina, and O. V. Matveeva Change of Antigenic Determinants of SARS-CoV-2 Virus S-Protein as a Possible Cause of Antibody-Dependent Enhancement of Virus Infection and Cytokine Storm Biophysics, 2020, Vol. 65, No. 4, pp. 703–709. 

https://link.springer.com/article/10.1134/S0006350920040119

 

101. Semyonov D.A., Eltsov I.V., Nechipurenko Y.D. A new bias site for epigenetic modifications: How Non-Canonical GC Base Pairs favour Mechanochemical Cleavage of DNA. BioEssay 2020, DOI: 10.1002/bies.202000051. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/bies.202000051

 

102. Ю.Д. Нечипуренко, Д.А. Семёнов Неканонические пары GC и эпигенетика // Актуальные вопросы биологической физики и химии. – 2020. – Т. 5. – №. 4. – С. 567-570.

 

103. Nechipurenko Y.D. Cooperative Interactions between Ligand Molecules in Microarray Hybridization  - in "Introduction to Ising model", "Nova Science Publishers", P.27-44, 2020. ISBN 978-5-906848-74-1 104

 

104. Ризниченко Г.Ю., Анашкина А.А., Нечипуренко Ю.Д., Рубин А.Б., "VI съезд биофизиков России" Биофизика (2021), 66, 1, 195 - 208 DOI: 10.31857/S000630292101021X

 

Монография

Ю.Д. Нечипуренко. Анализ связывания биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами. Ижевск, ИКИ, 2015, Твердый переплет. 188 с. ISBN 978-5-4344-0295-8

Популярные издания


Егор Егоров, Юрий Нечипоренко. Живой дом. М., Арт-Волхонка, 2018, переиздание 2019.

Вера Толченникова, Юрий Нечипоренко. Ключи от головы (что ученые знают про мозг). Москва, Арт-Волхонка, 2020. ISBN: 978-5-906848-74-1

https://www.labirint.ru/books/762254/

 

Множество статей также опубликовано в журнале для старшеклассников "Потенциал", сборнике "Хочу всё знать", на сайте "Биолмолекула" и других изданиях

см. здесь https://yuniko.ru/index.php/mnps

----- НОВОСТИ -----

Встреча на книжном фестивале на Красной Площади 20го июня

Милости просим на встречу!             Детская и учебная литература / Детская сцена 20 и

Вечер в Тургеневке: Пушкин, Достоевский...

 8 июня в 19.00 в Тургеневской библиотеке прошёл вечер: говорили о Пушкие, Достоевском, о поэзии и немного об а

Творческая встреча в Центре славянских культур

В субботу, 29 мая в 12.15 в рамках Фестиваля СЛАВый день пройдёт творческая встреча с Юрием Нечипоренко - милости

Литературная газета поздравила с юбилеем

В Литературой газете вышла статья- поздравление Юрия Неччипоренко https://lgz.ru/article/18-6783-05-05-2021/pisatel-s-kafedry-biofiziki/

Победа на конкурсе "Биомолекулы"

25 апреля, в день ДНК, подведены итоги конкурса научно-популярных работ журнала "Биомолекула".  Статья Денис

Выступление на онлайн-конференции "Семейное чтение" и в Библиотеке им. Маяковского

22 и 23 апреля выступления по книге "Огонь с Божедомки (Московское детство Фёдора Достоевского)" Вначале говори

Статья о проблемах детской литературы в "Свободной прессе"

Вышла статья, где Юрий Нечипоренко рассказывает о главых проблемах в детской книге - и путях их решения https:

Статья о проблемах детской литературы в "Свободной прессе"

Вышла статья о том,где Юрий Нечипоренко рассказыват о главых проблемах в детской книге - и путях их решения 

Рассказ о практике на Белом море с далеко идущими последствиями

В "Пампасах" опубликован рассказ о практике на Белом море, где студены получали уникальное биологическое мир

Выступление в РГДБ на Неделе детской книги

20 марта, в субботу, н первый день Недели детской книги в РГДБ в 13.00 состоится встреча с писателями Юрием Нечипо

Рассказ о пяти главных книгах для Библиотеки им. Боголюбова

По приглашению директора Государственной Библиотеки им. Боголюбова Владимира Семёнова писатель и учёный Юр

Выступление в библиотеке имени Анны Ахматовой в Крылатском

В субботу 27 февраля в 12.00 СМАРТ-библиотеке им. Ахматовой Юрий Нечипоренко с Верой Толчениковой выступают с ле

Вышла наша беседа в Литературной гостиной "Русского мира" с Лолой Звонаревой

Вышла беседа Лолы Звонаревой со мной, можно посмотреть на ютубе здесь  https://www.youtube.com/watch?v=_tXrVmrb5fE

Вышла популярная статья о необычных свойствах ДНК

Вышло популярное изложение нашей работы по эпигенетике в журнале "Биомолекула" - и здесь новый взгляд на ДНК

Пленарный доклад по теме COVID-19 на мультидисциплинарной конференции "Математика.Компьютер.Образование. 2021"

На 28-ой мультидисциплинарной конференции "Математика. Компьютер.Образование. 2021" во вторник, 26 января состоит

Вышла рецензия на книгу о московском детстве Достоевского

В журнале "Камертон" вышла рецензия Ирины Гурской на книгу Алексея Виноградова и Юрия Нечипоренко о московск

Треугольник "Автор - художник - редактор" - выступление на книжном нон-фикшен

Мы с соавтором, нейробиологом Верой Толченниковой рассказали о своём опыте понимания равностороннего треуг

Встреча с читателями в сети на "Неделе живой классики"

24 ноября, вторник, 13.00 произошла встреча на "Неделе живой классики" с читателями Нечипоренко Юрий Дмитриевич,

Вышла рецензия на книгу "Ключи от головы" - сайт "Биомолекулы"

  Появилась замечательная рецензия от школьника Антона Бабурина на книгу "Ключи от головы"  https://biomolecula.r

Выступление на первом всероссийском онлайн-фестивале семейного чтения в РГДБ

31 октября состоялась презентация книг на Первом всероссийском фестивале онлайн в РГДБ, мы представили книгу